財政部中區國稅局表示，近來審理房地合一稅未申報案件時，發現有納稅義務人將105年1月1日以後取得的農地出售給公司法人，誤認已取得農業用地作農業使用證明書，即不用課徵房地合一稅，致未依規定申報個人房屋土地交易所得而遭補稅處罰。
該局說明，依所得稅法第4條之5第1項第2款規定，符合農業發展條例第37條及第38條之1規定「得申請」不課徵土地增值稅之土地，免納房地合一稅。故原則上，納稅義務人除應取具「農業用地作農業使用證明書」外，尚須符合經地方稅稽徵機關核發「土地增值稅不課徵證明書」者，才有符合免納房地合一稅的要件。但是實務上，有些農地移轉可能因為係在同一課稅年度內就轉手，所以沒有土地之增值，土地增值稅為0元、或係因納稅義務人已取得「農業用地作農業使用證明書」或「符合農發條例第38條之1土地作農業使用證明書」而自認農地免稅，以致於並未向地方稅稽徵機關提出「不課徵土地增值稅」之申請。若遇到這些情況時，能不能符合不課徵房地合一稅，依法仍須請地方稅稽徵機關針對要出售的農地有無符合申請不課徵土地增值稅的要件來作認定。
該局指出，日前查得納稅義務人A君之兄於84年間受贈取得土地，108年間將土地持分4/5贈與A君，嗣A君與兄長協議出售土地，持分分別為4/5及1/5，並於110年9月經公所核發農業用地作農業使用證明書，於辦理土地移轉申報土地增值稅時，係以一般買賣案件申報並繳納土地增值稅，嗣於110年10月出售移轉登記予B公司。A君自認已取得農業用地作農業使用證明書可免納房地合一稅，惟嗣後經該管地方稅稽徵機關認定A君申報土地增值稅時未檢附農業使用證明書且承受人亦非為自然人，不符合不課徵土地增值稅要件，A君出售土地應適用房地合一規定課稅。A君逾期未申報房地合一稅，案經查獲後應補稅近200萬元及處罰鍰70餘萬元。
該局呼籲，民眾勿以為取得農用證明，就誤認不用課徵房地合一稅，農地買賣之承受對象，亦須同時符合得申請不課徵土地增值稅之要件。為確保自身權益，在農地買賣移轉前，建議先向地方稅稽徵機關申請不課徵土地增值稅，以釐清適用情形，避免事後因未申報房地合一稅遭到補稅甚至處罰！
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